/etc/cron.d/hoge などに配置するcronの設定ファイルは行が改行で終端している必要があります。
そのため、以下のような設定ファイルだと 002 の方は実行されません。
* * * * * /bin/echo 001 * * * * * /bin/echo 002[EOF]
以下のように、行の終端で改行されている必要があります。
* * * * * /bin/echo 001 * * * * * /bin/echo 002 [EOF]
普通にLinux上で編集すれば行の終端が改行ではないファイルは滅多に出来ないと思いますが、Windows上で設定ファイルを作成してLinux上に転送するときなどは注意が必要です。
また、設定ファイルのパーミッションは 0644 や 0600 でなければならないようです。
/var/spool/cron/ は crontab コマンドで編集すれば勝手にそうなりますが、/etc/cron.d/ のファイルを直接編集する場合は注意が必要そうです（umask 0022 とかしている場合）。
